Strejken; vid Aker Yards varv i Åbo och Raumo och Neste Oils oljeraffinaderi i Borgå, inleddes i tisdags och avslutas i morgon.
De strejkande begär att kraven åtminstone tillfälligt dras tillbaka.
- Summorna är för tillfället så stora att ingen klarar av att betala dem, säger funktionär Jyrki Yrttiaho, facklig företrädare för metallarbetarna i Åbo, till TT.
Finansministeriet har nu tillsatt en arbetsgrupp som ska utreda problemet.
- Vi kräver att restskattekraven dras in helt och att det utfärdas åtgärdsförbud och räntefritt anstånd med betalningen tills arbetsgruppen är klar med sitt förslag, säger Yrttiaho.
Enligt Kirsi Seppälä, regeringsråd på finansministeriet och ordförande i arbetsgruppen, är orsaken till problemet i huvudsak en tidigare otydlig lagstiftning när det gäller resor mellan hemmet och arbetsplatsen som pågår under längre tid.
Huvudprincipen har varit att resekostnadsersättningar endast är skattefria om de betalas ut för tillfälligt arbete på annan ort i upp till ett år.
Men då reglerna varit oklara har skattedomstolarna gjort olika bedömningar av vad som kan anses vara tillfälligt eller inte, vilket också skapat förvirring hos arbetsgivarna.
Enligt en ny lagstiftning från årsskiftet är reglerna nu tydligare och ersättningen för tillfälligt arbete på annan ort får vara skattefri i upp till två år.
Men då många domstolar har fortsatt döma enligt den gamla rättspraxisen har många anställda drabbats av stora kvarskatter.
- En del arbetsgivare har inte dragit skatt för resekostnadsersättningar som domstolen sedan anser att de borde ha gjort. Den anställde har fått kvarskatt därför att domstolen anser att man borde ha känt till att skatten skulle ha betalats, säger Kirsi Seppälä.
- Regeringen och finansministeriet kan inte påverka domstolarnas beslut men vi ska nu undersöka om de som drabbats kan få skattelindring.

ANITA TÄPP